福建医科大学协和临床医学院成立于2000年，前身是协和临床医学系，始建于1995年。学院现有32个博士学位点，32个硕士学位点。临床医学等12个本科专业。目前医院在读本科生近500多人、研究生400多人。学院设有5个实习教学基地，18个研究基地（研究中心）等科研机构，福建省血液病研究所为省级“211”重点学科、省级重点学科和校级重点学科。实验诊断学为省级精品课程。目前，学院现有专职教师645人，其中：教授44人、副教授153人，博士硕士生导师109人。享受国务院政府特殊津贴的专家16人；入选国家级“百千万人才工程”人选2人；省“百千万人才工程”人选18人；校学科带头人培养对象44人；校青年骨干教师40人。近三年学院曾获得省级科技进步一、二、三等奖13项。近三年来获得国家自然科学基金项目21项，教育部博士点基金项目3项，省、厅级基金项目192项。先后在国际权威刊物和国家一级学术刊物上发表论文1300余篇，其中被SCI收录的有100余篇。学院重视与国内外的学术交流，先后与美国、澳大利亚等科研院所建立了密切的合作关系。
